A história de Fairy Tail gira em torno das aventuras de seus protagonistas, Lucy e Natsu, tendo o gato falante Happy como coadjuvante. Lucy Heartphillia é uma jovem maga de 17 anos que deseja tornar-se uma maga evoluída. Para isso, ela terá que entrar em uma guilda de magos, para ganhar dinheiro para sobreviver e também para aprimorar suas habilidades. Assim sendo, ela chega até a cidade de Harujion, onde Natsu Dragneel e Happy desembarcam para procurar Igneel, o dragão que criou Natsu como se fosse um filho, e que um dia repentinamente sumiu. Lucy encontra Natsu e Happy ocasionalmente, após se envolverem com um perigoso criminoso que tenta transformar Lucy em sua escrava. Após salvar Lucy, Natsu, que é mago de uma das guildas mais famosas, a Fairy Tail, convida a garota a juntar-se a guilda. Assim, Lucy entra para a Fairy Tail, onde começa a viver todo tipo de missão perigosa junto com Natsu e Happy.

A história se passa em um lugar conhecido como Mundo Mágico, uma terra onde a magia é usada em larga escala e os magos gozam de um alto status quo. Para organizar e facilitar a vida dos magos, surgem as guildas, organizações de magos controladas pelo Conselho, por sua vez, controlado pelo governo. Uma guilda funciona como uma agência de empregos: um cliente encomenda um serviço, um mago escolhe este serviço e se o completar com sucesso recebe uma recompensa que varia de acordo com o grau de dificuldade e periculosidade da "missão". Porém, assim como existem guildas pacíficas como a Fairy Tail, também existem guildas de mercenários, com fins e objetivos escusos.